En 1980, fue nombrado director de la Central Nacional de Informaciones, cargo que ocupó por seis años. Formó el Comando Antisubversivo (CAS) que bajo la dirección de la CNI coordinaba su accionar con Carabineros, Investigaciones de Chile y los servicios de inteligencia y también la fuerza operativa. El CAS controlaba centros clandestinos de detención y reprimió las primeras protestas antigubernamentales. Fue integrante de la Junta Militar entre el 1 de enero de 1987 al 30 de noviembre de 1988.

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