El 20 de febrero de 1994 se efectuó el traslado de 48 presos políticos desde el Centro de Detención Preventiva Santiago Sur, nombre oficial para de la ex Penitenciaría y desde la Cárcel de San Miguel, a la Cárcel de Alta Seguridad (CAS). Según Gendarmería, la CAS cuenta con mejores condiciones carcelarias y mejores medidas de seguridad. Los presos de la Cárcel de San Miguel se opusieron y se produjo un enfrentamiento con funcionarios de la cárcel, dejando varios lesionados. Durante un posterior allanamiento del lugar, Gendarmería encontró armas, un celular y explosivos. Diario El Mercurio, 27.02.1994.
En su informe preliminar, los diputados Andrés Aylwin y Jaime Naranjo, integrantes de la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados y su presidente Sergio Ojeda, cuestionaron las condiciones carcelarias en la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) y plantearon una revisión de la normativa que rige esta penal donde se encuentran encarcelados unos 40 presos políticos, entre los cuales figuran los condenados por la muerte del senador Jaime Guzmán y el secuestro del ejecutivo del diario El Mercurio Cristián Edwards. El Director de Gendarmería Claudio Martínez declinó emitir declaraciones hasta no tener un documento oficial de la Comisión. Diario La Nación, 04.05.1994.
Según el hijo de un preso condenado a cadena perpetua por el caso secuestro de Cristián Edwards, en la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) se violan los derechos humanos de los presos. El Director de Gendarmería, a su vez, niega esta afirmación y asegura que la cárcel cumple con todos los requisitos de lo que es una cárcel moderna. Diario La Nación, 22.03.1994.
Familiares de los presos de la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) señalaron que terminó la huelga de hambre de 48 días, sin que los huelgistas hayan conseguido la modificación del reglamento interno de la cárcel. Diario El Mercurio, 12.04.1994.
Doce reclusos terroristas fueron trasladados desde la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) al Hospital del Salvador tras una huelga de hambre de 49 días. La Corte de Apelaciones acogió un recurso de protección presentado por Gendarmería, facultándoles así dar alimento forzado a los ayunantes, ocho de los cuales pertenecen al grupo "Raúl Pellegrín" y tres al "Ejército Popular de Liberación Nacional". Sus familiares explicaron que los reos iniciaron la huelga de hambre para conseguir condiciones mínimas de encarcelamiento. Gendarmería, por su lado, señala que la CAS cumple con las normas penitenciarias establecidas por Naciones Unidas. Diario El Mercurio, 26.12.94.
