Fundamentándose en el informe preliminar de la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados, la Agrupación de Familiares de Presos Políticos, la Alianza Humanista Verde y CODEPU demandan el cierre inmediato de la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) en el cual se violan los derechos humanos de los reclusos. Diario La Nación, 28.05.1994.
Dos integrantes del Frente Patriótico Manuel Rodríguez-Autónomo presentaron recursos de amparo ante la Corte de Apelaciones de Santiago para impugnar las medidas de privación de visitas que, según su abogado Alberto Espinoza, "constituyen una sanción injusta, arbitraria y que no tiene asidero en la ley". Agregó que estas medidas restrictivas son paradógicas, refiriéndose al mayor (r) de Carabineros Guillermo González Betancourt quien, a pesar de estar condenado a presidio perpetuo por el caso del triple degollamiento de profesionales, habría sido visto en la vía pública. Diario La Época, 08.11.1994.
En un crítico informe, la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados sugiere a la Dirección de Gendarmería "humanizar" las condiciones en que viven los presos políticos de la Cárcel de Alta Seguridad (CAS). La Comisión visitó la cárcel en dos ocasiones y entrevistó diversas autoridades, entre ellos la Ministra de Justicia Soledad Alvear, el Director de Gendarmería Claudio Martínez y el Director de Seguridad Pública Isidro Solís.
La Agrupación de Familiares de Presos Políticos denunció el maltrato de uno de los reos e informó que habían presentado dos querellas en los tribunales de justicia, una contra Gendarmería por "agresión" y otra contra el Director de Gendarmería Claudio Martínez, por "abuso de poder". La Agrupación, según informó Lorena Astorga, también presentó un recurso de amparo a favor de todos los presos políticos. Diario La Nación, 19.05.1994.
El Director de Gendarmería Claudio Martínez anunció el traslado de los presos políticos a una cárcel de máxima seguridad dentro de la ex Penitenciaría para el primer semestre de 1994, ya que el actual sistema permite la transferencia de conductas delictuales, que se imponga la ley del más fuerte e impide proteger a quien quiere salirse realmente del delito. Gabriel Valdés, Presidente del Senado, también expresó su preocupación por la rehabilitación de los presos políticos. La Organización de Prisioneros Políticos de la ex Penitenciaría denunció que resistirán "a como dé lugar" el traslado el cual consideran una forma "para aniquilar y desarticular a las organizaciones revolucionarias". Diario La Nación, 29.11.1993.
El traslado de reos por "delitos terroristas" a una penal de máxima seguridad podría constituir una violación de derechos humanos y será elevado a la Cámara de Diputados por el Comité de Defensa de los Derechos del Pueblo (CODEPU). Según Claudio Martínez, Director Nacional de Gendarmería, no todos los reos terroristas serán trasladados y habría que encontrar una fórmula para establecer quiénes siguen activos dentro del concepto "cárcel combatiente" y quiénes están dispuestos a salir de esta actividad. Incluye un cuadro con la distribución de reos en distintas cárceles del país. Diario La Nación, 29.11.1993.
El 23 de octubre, 19 presos de la cárcel de San Miguel y 18 presos del Centro de Detención Preventivo Santiago Sur fueron trasladados a la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) en un operativo conjunto de Gendarmería y Carabineros. Claudio Martínez, Director de Gendarmería, declaró que el traslado de los presos, vinculados al MAPU-Lautaro y al Frente Patriótico Manuel Rodríguez y procesados por la Ley Antiterrorista, culminó sin mayores incidentes. Sin embargo, La Agrupación de Familiares de Presos Políticos denunció que 12 de los trasladados resultaron heridos. Diario La Nación, 24.10.1994.
