El 20 de febrero de 1994 se efectuó el traslado de 48 presos políticos desde el Centro de Detención Preventiva Santiago Sur, nombre oficial para de la ex Penitenciaría y desde la Cárcel de San Miguel, a la Cárcel de Alta Seguridad (CAS). Según Gendarmería, la CAS cuenta con mejores condiciones carcelarias y mejores medidas de seguridad. Los presos de la Cárcel de San Miguel se opusieron y se produjo un enfrentamiento con funcionarios de la cárcel, dejando varios lesionados. Durante un posterior allanamiento del lugar, Gendarmería encontró armas, un celular y explosivos. Diario El Mercurio, 27.02.1994.
A pesar de haber dejado su huelga de hambre, los presos políticos de la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) manifestaron que no aceptan las modificaciones de los regímenes de visitas e interno ofrecidas por Gendarmería. Los familiares de los presos manifiestan su desconfianza para con los resultados del informe entregado por la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados posterior a su visita a la cárcel. Diario La Nación, 12.04.1994.
En un crítico informe, la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados sugiere a la Dirección de Gendarmería "humanizar" las condiciones en que viven los presos políticos de la Cárcel de Alta Seguridad (CAS). La Comisión visitó la cárcel en dos ocasiones y entrevistó diversas autoridades, entre ellos la Ministra de Justicia Soledad Alvear, el Director de Gendarmería Claudio Martínez y el Director de Seguridad Pública Isidro Solís.
La Agrupación de Familiares de Presos Políticos denunció el maltrato de uno de los reos e informó que habían presentado dos querellas en los tribunales de justicia, una contra Gendarmería por "agresión" y otra contra el Director de Gendarmería Claudio Martínez, por "abuso de poder". La Agrupación, según informó Lorena Astorga, también presentó un recurso de amparo a favor de todos los presos políticos. Diario La Nación, 19.05.1994.
El traslado de reos por "delitos terroristas" a una penal de máxima seguridad podría constituir una violación de derechos humanos y será elevado a la Cámara de Diputados por el Comité de Defensa de los Derechos del Pueblo (CODEPU). Según Claudio Martínez, Director Nacional de Gendarmería, no todos los reos terroristas serán trasladados y habría que encontrar una fórmula para establecer quiénes siguen activos dentro del concepto "cárcel combatiente" y quiénes están dispuestos a salir de esta actividad. Incluye un cuadro con la distribución de reos en distintas cárceles del país. Diario La Nación, 29.11.1993.
En su informe preliminar, los diputados Andrés Aylwin y Jaime Naranjo, integrantes de la Comisión de Derechos Humanos de la Cámara de Diputados y su presidente Sergio Ojeda, cuestionaron las condiciones carcelarias en la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) y plantearon una revisión de la normativa que rige esta penal donde se encuentran encarcelados unos 40 presos políticos, entre los cuales figuran los condenados por la muerte del senador Jaime Guzmán y el secuestro del ejecutivo del diario El Mercurio Cristián Edwards. El Director de Gendarmería Claudio Martínez declinó emitir declaraciones hasta no tener un documento oficial de la Comisión. Diario La Nación, 04.05.1994.
Los familiares de los presos políticos que fueron trasladados de la cárcel de San Miguel y del Centro de Detención Preventiva de Santiago Sur (ex Penitenciaría) a la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) denunciaron "violencia innecesaria" durante el traslado y que 12 de los traslados resultaron heridos. Entre los presos se encuentra el líder del Mapu Lautaro. Diario El Siglo, 24.10.1994.
El 23 de octubre, 19 presos de la cárcel de San Miguel y 18 presos del Centro de Detención Preventivo Santiago Sur fueron trasladados a la Cárcel de Alta Seguridad (CAS) en un operativo conjunto de Gendarmería y Carabineros. Claudio Martínez, Director de Gendarmería, declaró que el traslado de los presos, vinculados al MAPU-Lautaro y al Frente Patriótico Manuel Rodríguez y procesados por la Ley Antiterrorista, culminó sin mayores incidentes. Sin embargo, La Agrupación de Familiares de Presos Políticos denunció que 12 de los trasladados resultaron heridos. Diario La Nación, 24.10.1994.
