Las raíces históricas del Consejo Mundial de Iglesias se remontan a movimientos de estudiantes y laicos del siglo XIX, la conferencia mundial sobre misión de Edimburgo de 1910 y la encíclica del Sínodo (Ortodoxo) de Constantinopla de 1920 en la que se sugería una "comunidad de iglesias" semejante a la Liga de las Naciones. Dirigentes representantes de más de 100 iglesias votaron en 1937-38 la fundación de un Consejo Mundial de Iglesias, pero su inauguración se retrasó a causa del estallido de la segunda guerra mundial.

En 1946 se emprendieron dos proyectos pioneros del CMI en cooperación con el Consejo Misionero Internacional: la Comisión de las Iglesias para Asuntos Internacionales (CIAI) y el Instituto Ecuménico de Bossey, Suiza. Actualmente el Instituto Ecuménico ofrece títulos de master y doctorado en estudios ecuménicos por medio de la facultad de teología de la Universidad de Ginebra.
Cuando nació el CMI en la Primera Asamblea de 1948, había 147 iglesias miembros. Hoy son 347. Predominantemente protestantes y occidentales en los primeros años, el perfil y la identidad de las iglesias del CMI evolucionó durante la década de 1960 con la afluencia de muchas iglesias ortodoxas del Este y las nuevas iglesias autónomas de las antiguas regiones coloniales del Sur.